O Ministério Público Federal atua nas áreas cível e criminal.

1. Criminal
Na área criminal, cabe ao MPF promover a ação penal pública quando a competência para o julgamento é da Justiça Federal.

São os casos de delitos que causem prejuízo aos bens, serviços ou interesses da União, de suas entidades autárquicas (INSS e Banco Central, por exemplo) ou das empresas públicas (Caixa Econômica Federal e Correios, entre outras).

São exemplos desses crimes: uso de passaporte falso ou adulterado; rádios clandestinas; crimes ambientais praticados em áreas protegidas pela União ou de interesse da União; saque ilegal de FGTS e de seguro-desemprego; moeda falsa; contrabando; sonegação de tributos federais; sonegação de contribuição previdenciária; trabalho escravo; formação de cartel; lavagem de dinheiro; fraudes bancárias; pedofilia na internet; crimes praticados por servidores públicos federais.

O MPF também é o responsável pela ação penal nos casos de crimes comuns praticados por autoridades com foro privilegiado.

O MPF só denuncia alguém por um crime quando considera que existem indícios suficientes de materialidade (se o fato constitui mesmo crime e qual seria esse crime) e autoria (quem o teria cometido).

O juiz, ao receber a denúncia do MPF, dá início à ação penal.  

Também cabe ao Ministério Público Federal o controle externo da atividade policial. Por isso, a prisão de qualquer pessoa deve ser comunicada ao MPF quando feita pela Polícia Federal ou quando se tratar de autoridade com foro privilegiado no Supremo Tribunal Federal ou no Superior Tribunal de Justiça.

2. Cível
A atuação cível do MPF dá-se como fiscal da lei(quando ele não é autor ou parte da ação, mas é chamado para dar parecer sobre o caso) ou na área da tutela coletiva.

Na tutela coletiva, o MPF age para proteger interesses difusos, coletivos e individuais homogêneos. Os instrumentos para essa atuação são a  ação civil pública, a ação civil coletiva e a ação de improbidade administrativa.

Os procuradores defendem direitos relacionados a temas como ordem econômica e consumidores; meio ambiente e patrimônio cultural; criança, adolescente, idoso e portador de deficiência; comunidades indígenas; educação e saúde; previdência e assistência social; patrimônio público e social; cidadania; direitos humanos e violência policial.

** O MPF também atua na área eleitoral; só que, nos municípios, essas atribuições são delegadas a promotores da Justiça Estadual, ainda que existam Procuradorias da República instaladas nesses municípios.